Les navires minoens de Kommos et Zakros échangeaient de la faïence égyptienne et du cuivre chypriote à travers la mer de Libye il y a quelque 3 500 ans, et la forme de l'île — 260 kilomètres de long, jamais plus de 60 de large — a toujours poussé le mouvement vers l'eau.
Le réseau moderne d'excursions en bateau en Crète a hérité de cette géographie plutôt que de l'avoir inventée. Les routes le long des côtes sud et ouest s'arrêtent là où les Lefka Ori plongent droit dans la mer ; des localités comme Loutro, Agia Roumeli et Marmara ne restent accessibles que par la mer. Ce qui a commencé comme un ravitaillement pour les bergers et les pêcheurs sfakiotes est devenu un service aux passagers, puis une économie touristique. Le lagon de Balos, coincé entre le cap Gramvousa et la terre ferme, attire la plus grande part des départs ; la forteresse vénitienne sur Imeri Gramvousa, construite en 1579 et jamais prise d'assaut, surveille toujours le canal.
Chaque port a un caractère différent. Les départs de l'ouest favorisent la péninsule de Gramvousa et le sable aux coquillages roses d'Elafonissi. Les excursions en bateau depuis Réthymnon parcourent la côte d'Almyros sous la Fortezza, tandis que celles depuis Héraklion font de courts trajets jusqu'à Dia, l'îlot inhabité où Jacques Cousteau a filmé en 1976 et où des chèvres sauvages crétoises ont été réintroduites. Les excursions en bateau depuis Hersonissos se concentrent sur les formats à fond de verre et au coucher du soleil le long du golfe de Malia, et depuis Agios Nikolaos, la route se tourne vers l'est en direction de Spinalonga, la colonie de lépreux évacuée en 1957 et aujourd'hui le deuxième monument le plus visité de l'île.
Les traversées plus longues changent complètement l'échelle. Les excursions en bateau de la Crète vers Santorin tracent l'arc des Cyclades vers le nord sur environ 120 milles marins d'Égée ouverte, passant par le bord de la caldeira qui s'est effondrée lors de l'éruption de la fin de l'âge du bronze, autrefois liée, spéculativement, au déclin minoen.
Qualifier ces croisières de simples loisirs est en dessous de la réalité. Une excursion en bateau en Crète reste le seul moyen de lire les falaises, les grottes marines et les fortifications vénitiennes de l'île sous l'angle souhaité par leurs bâtisseurs : depuis le pont, en regardant vers l'intérieur. C'est pourquoi la demande de billets d'excursion en bateau en Crète englobe désormais les ferries en activité, les kaikia en bois et les catamarans modernes, tous naviguant sur des eaux qui transportent du fret depuis trois millénaires et demi.
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