Le port d'Héraklion ancre la côte nord de la Crète depuis trois millénaires. Les Minoens expédiaient de l'huile d'olive et du vin depuis ce port naturel il y a quatre mille ans ; les Vénitiens ont fortifié le front de mer avec des bastions en calcaire en 1523 ; aujourd'hui, la forteresse de Koules garde toujours le chenal d'entrée où les ferries et les navires de croisière accostent aux côtés des caïques de pêche en bois. Le port s'étend le long de la Leoforos Nearchou, une esplanade de cinq cents mètres nommée en l'honneur de l'amiral du IVe siècle av. J.-C. qui a mené la flotte d'Alexandre le Grand de l'Inde à la Perse. Le port commercial moderne gère deux millions de passagers par an, mais le vieux port vénitien — abrité par la jetée du XVIe siècle — reste le point de départ des navires plus petits se dirigeant vers les îles au large et les villages côtiers. Les excursions en bateau depuis le port d'Héraklion suivent des routes commerciales égéennes vieilles de plusieurs siècles. L'île de Dia se trouve à six milles marins au nord-ouest, une réserve naturelle protégée où des phoques moines font surface près de ruines sous-marines qui marqueraient d'anciens établissements minoens. Les voiliers et catamarans partent entre huit et dix heures du matin, atteignant les baies du sud de Dia en moins de quatre-vingt-dix minutes. L'île inhabitée mesure cinq kilomètres d'est en ouest, ses falaises nord s'élevant à quatre-vingts mètres au-dessus de la mer. Spinalonga, à soixante-quinze kilomètres à l'est près d'Agios Nikolaos, attire des bateaux d'expédition pour sa forteresse vénitienne et l'histoire de sa léproserie. Les navires semi-submersibles avec des chambres d'observation sous le pont explorent les récifs de la baie de Mirabello sans nécessiter d'équipement de plongée en apnée. La plupart des croisières d'une journée incluent des arrêts baignade dans des criques abritées, un déjeuner servi sur le pont et un retour en fin d'après-midi. L'infrastructure du port soutient à la fois le transport maritime industriel et la navigation de plaisance. Des jetées en béton accueillent les ferries à destination de Santorin et de Rhodes ; les embarcadères en bois le long du port vénitien servent les petits bateaux d'excursion. L'autorité portuaire — Portheraklion — coordonne les horaires de départ et entretient les chenaux de navigation dragués à huit mètres de profondeur. Les départs matinaux profitent de vents plus calmes ; les rafales de meltem de la mer Égée se renforcent généralement après midi pendant les mois d'été. La zone portuaire reste accessible 24h/24, bien que les tour-opérateurs concentrent les départs entre huit et onze heures pour optimiser les conditions maritimes. Les offres maritimes d'Héraklion reflètent la position de la Crète au carrefour de trois continents, où les courants nord-africains rencontrent les eaux égéennes et où les anciennes routes maritimes guident toujours les navires modernes à travers la mer de Crète.