Der Hafen von Heraklion verankert die Nordküste Kretas seit drei Jahrtausenden. Minoer verschifften bereits vor viertausend Jahren Olivenöl und Wein von diesem natürlichen Hafen; Venezianer befestigten das Ufer 1523 mit Kalksteinbastionen; heute bewacht die Festung Koules noch immer den Eingangskanal, wo Fähren und Kreuzfahrtschiffe neben hölzernen Fischerbooten, den sogenannten Caiques, anlegen. Der Hafen erstreckt sich entlang der Leoforos Nearchou, einer fünfhundert Meter langen Esplanade, benannt nach dem Admiral aus dem vierten Jahrhundert v. Chr., der die Flotte Alexanders des Großen von Indien nach Persien segelte. Der moderne Handelshafen fertigt jährlich zwei Millionen Passagiere ab, aber der alte venezianische Hafen – geschützt durch die Mole aus dem sechzehnten Jahrhundert – bleibt der Abfahrtspunkt für kleinere Schiffe zu vorgelagerten Inseln und Küstendörfern. Bootsausflüge vom Hafen in Heraklion folgen jahrhundertealten Handelsrouten der Ägäis. Die Insel Dia liegt sechs Seemeilen nordwestlich und ist ein geschütztes Naturschutzgebiet, in dem Mönchsrobben in der Nähe von Unterwasserruinen auftauchen, die vermutlich alte minoische Siedlungen markieren. Segelboote und Katamarane legen zwischen acht und zehn Uhr morgens ab und erreichen die südlichen Buchten von Dia innerhalb von neunzig Minuten. Die unbewohnte Insel ist fünf Kilometer von Ost nach West lang und ihre nördlichen Klippen ragen achtzig Meter aus dem Meer empor. Spinalonga, fünfundsiebzig Kilometer östlich bei Agios Nikolaos, zieht Expeditionsboote wegen seiner venezianischen Festung und der Geschichte der Leprakolonie an. Halb-U-Boote mit Sichtfenstern unter Deck erkunden die Riffe der Bucht von Mirabello, ohne dass eine Schnorchelausrüstung erforderlich ist. Die meisten Tageskreuzfahrten beinhalten Badestopps in geschützten Buchten, Mittagessen an Deck und die Rückfahrt am späten Nachmittag. Die Infrastruktur des Hafens unterstützt sowohl die industrielle Schifffahrt als auch das Freizeitsegeln. Betonpiers bieten Platz für Fähren nach Santorin und Rhodos; hölzerne Anlegestellen entlang des venezianischen Hafens dienen kleineren Ausflugsbooten. Die Hafenbehörde – Portheraklion – koordiniert die Abfahrtspläne und unterhält die auf acht Meter Tiefe ausgebaggerten Schifffahrtskanäle. Morgendliche Abfahrten profitieren von ruhigeren Winden; die Meltemi-Böen der Ägäis verstärken sich im Sommer typischerweise nach Mittag. Das Hafengebiet ist rund um die Uhr zugänglich, obwohl Touranbieter ihre Abfahrten zwischen acht und elf Uhr konzentrieren, um die Seebedingungen zu optimieren. Das maritime Angebot von Heraklion spiegelt Kretas Lage am Knotenpunkt dreier Kontinente wider, wo nordafrikanische Strömungen auf ägäisches Wasser treffen und alte Schifffahrtswege moderne Schiffe noch immer durch das Kretische Meer leiten.